Google App Engine側の仕様変更が原因で、GAE-Cron用のアプリを新規に作成した場合、GAE-Cron Clubに登録出来なくなっていました。
関連:yamaさんのコメント
暫定対策
GAE-Cron version 0.02中に含まれる、gaecron.pyの1314行目で
app_id = os.environ.get('APPLICATION_ID',u'')
となっているものを、
app_id = re.sub(u'^.+?~',r'',os.environ.get('APPLICATION_ID',u'')) # remove 's~' prefix
に書き換えた後、Deployして下さい。